A história desta Instituição teve início em 8 de dezembro de 1941, quando o prof. Pedro Clarismundo Fornari, juntamente com um grupo de docentes, almejando contribuir para o progresso de Jundiaí e acreditando que tal crescimento só seria possível se sua população tivesse acesso a uma formação de qualidade, propôs a criação das Escolas Padre Anchieta. Já em 1942, a Escola concretizou o seu funcionamento com a abertura dos cursos Propedêuticos (Ginásio Comercial) e Contador (Técnico de Contabilidade). 

Com a constante preocupação de bem atender a população, em 1966, a Instituição inaugurou a oferta de ensino superior no município de Jundiaí, com a Faculdade de Ciências Econômicas, Contábeis e de Administração de Empresas. Outras faculdades logo se seguiram: a de Educação, em 1968; a de Direito, em 1969; a de Ciências e Letras, em 1973; a de Psicologia, em 1987; e a de Tecnologia, em 1988.  

Dada a demanda crescente por profissionais das mais diversas áreas, a Instituição traçou ações para um percurso que a fizesse ascender ao status de Centro Universitário, garantindo-lhe maior autonomia no processo de abertura de cursos, o que se concretizou no ano de 2004. A partir disso, a implementação de cursos intensificou-se, o que se verifica por meio de breve cronograma que passamos a descrever. 

Já no ano seguinte, em 2005, foram implementados cursos nas áreas de Ciências da Saúde e de formação tecnológica, seguidos, em 2006, dos primeiros cursos nas áreas de Engenharia e de Comunicação Social. Em 2011, foi ampliada a oferta de cursos de formação tecnológica e de bacharelado. No ano de 2014, o Centro Universitário Padre Anchieta iniciou o processo de credenciamento de sua sede e de seu polo de apoio presencial, “Campus Prof. Pedro C. Fornari”, para o oferecimento de cursos de graduação e pós-graduação na modalidade a distância, bem como o processo de autorização do Curso Superior de Tecnologia em Gestão Comercial na modalidade a distância.  

Em 2018, a Instituição foi contemplada com o credenciamento para oferecimento de cursos na modalidade a distância, obtendo o conceito máximo 5,0 do Ministério da Educação. Este credenciamento marca uma nova etapa na história da Instituição. 

A oferta de cursos na modalidade a distância teve início em 2019, com o oferecimento do curso de Pedagogia. No ano de 2020, a Instituição iniciou os estudos para oferta de cursos na forma híbrida, com a inserção de carga horária presencial nos cursos na modalidade a distância, adotando para os encontros presenciais metodologias ativadas de aprendizagem. Em 2021, foram ofertados os cursos de Biomedicina, Farmácia, Nutrição, Estética e Cosmética, Educação Física e Psicologia.