A primeira Faculdade Pitágoras foi fundada na cidade de BH, no ano 2000, oferecendo o curso de graduação em Administração. No final do ano de 2001 possuía 332 alunos, ao passo que já contava com uma base ampla na Educação Básica, que somava 98.257 alunos.

Ainda em 2001, após a modificação do marco regulatório do Ensino Superior, a Apollo International (fundo particular de investimentos em educação) tornou-se acionista da Kroton, aportando capital e experiência internacional em gestão educacional para o seu projeto de Ensino Superior. Em 2005, por questões internas, a Apollo International decidiu limitar suas atividades e cessou todos os investimentos que mantinha fora dos Estados Unidos. Por esse motivo, em agosto de 2006, os acionistas da Kroton negociaram a recompra de suas respectivas participações acionárias, acarretando a saída definitiva da Apollo International da Companhia.  

Em março de 2012, a Kroton adquire o Grupo Uniasselvi - Associação Educacional Leonardo Da Vinci. Com esta operação a Companhia se torna mais completa, principalmente no Ensino a Distância. Juntas, a Kroton e a Uniasselvi tornam-se a maior companhia do setor de educação brasileiro, em número de alunos.
Atualmente, no Ensino Superior, a Kroton conta com mais de 50 campi de Ensino Presencial e presença em mais 400 localidades  por meio do EaD, o que a consolida como uma instituição de escala nacional, com capacidade continuada de expansão e desenvolvimento para seus alunos e colaboradores. Hoje são mais de 400 mil alunos de Ensino Superior, sendo mais de 250 mil em Ensino a Distância e mais de 160 mil em Ensino Presencial.