Faculdade Cenecista de Joinville nasceu da evolução e do aprendizado obtido em toda a história do Colégio Elias Moreira e do espírito empreendedor que caracteriza a Campanha Nacional de Escolas da Comunidade (CNEC). Após a publicação em Diário Oficial, em 26 de junho de 2000, a FCJ recebeu a autorização do Ministério da Educação para iniciar as suas atividades, conforme Portaria número 859. 

Os cursos de Administração com ênfase em Marketing e Administração com ênfase em Empresas e Negócios inauguraram a faculdade em 2001. No ano seguinte, foram incorporados à grade de cursos de Administração com ênfase em Negócios Internacionais, Sistemas de Informação e Turismo. Em 2006, mais uma conquista, o curso de Direito, totalizando seis cursos de bacharelado. Em 2014 a IES obteve autorização nos de Tecnologia em Gestão Pública, Gestão Portuária, Controle de obras, Construção de Edifico e Marketing.
 Também neste mesmo ano inaugurou um dos maiores teatro de Santa Catarina, o Teatro CNEC,  com 760 lugares e uma das melhores estruturas técnicas para grandes espetáculos. 

A FCJ é a continuidade no Ensino Superior da trajetória do Colégio Cenecista José Elias Moreira , fundado em 19 de março de 1962. O Elias Moreira nasceu como uma pequena escola, mantida pela Campanha Nacional de Escolas da Comunidade (CNEC), com o objetivo de atender um maior número de crianças e adolescentes da cidade de Joinville, que não dispunham de recursos suficientes para frequentar as escolas particulares disponíveis na região. O principal foco é na valorização do ser humano.