A história da Faculdade Anhanguera Jaraguá do Sul teve início com o credenciamento de duas instituições de ensino: o Centro de Educação Tecnológica de Jaraguá do Sul, pela Portaria nº 74, de 12 de janeiro de 2004, mantida pela EDUCAR - Instituição Educacional S/C Ltda. e a Faculdade de Tecnologia Jaraguaense, pela Portaria nº 2.421, de 11 de julho de 2005, mantida pelo Instituto Tecnológico de Educação Superior e Pesquisa de Santa Catarina Ltda. As duas instituições foram adquiridas pela Anhanguera Educacional Ltda. e tiveram transferência de mantença pela Portaria nº 1.893, de 18 de novembro de 2010. Em 2011, as instituições foram unificadas pela Portaria nº 1.043, de 9 de maio de 2011 e a instituição passou a ser denominada Faculdade Anhanguera Jaraguá do Sul. Em 23 de novembro de 2012 a IES foi recredenciada pela Portaria nº 1.396, publicada no D.O.U. de 26 de novembro de 2012.
Nos termos da Portaria SERES nº 449/2017, publicada no Diário Oficial da União, a partir de 23 de maio de 2017 a Instituição passou a ser mantida pela Anhanguera Educacional Participações S/A, pessoa jurídica de direito privado, sociedade anônima com fins lucrativos, cujo último estatuto social consolidado está registrado na JUCESP - Junta Comercial do Estado de São Paulo, em 12/12/2017, sob nº 212.500/16-8.
A IES encontra-se situada à Rua Major Júlio Ferreira 687, bairro Vila Lalau, na cidade de Jaraguá do Sul.
No que se refere ao índice Geral dos Cursos – IGC, a Faculdade Anhanguera Jaraguá do Sul tem IGC contínuo de 3,3123, estando assim na faixa de IGC 4, o que a coloca como a 6ª instituição com maior IGC das instituições de ensino presenciais do estado de Santa Catarina e a 3ª entra as instituições privadas (dados referentes a 2016).
A missão de uma Instituição representa sua finalidade, sua identidade, sua razão de ser. A Faculdade Anhanguera Jaraguá do Sul descreve sua missão no seguinte Propósito e Manifesto:
Propósito: Transforme seu futuro
Manifesto: O que você quer ser quando crescer? Todo mundo já ouviu essa pergunta algum dia, e a resposta sempre vinha na forma de algum sonho de infância. Mas, por que será que, depois que cresce, muita gente para de se fazer essa pergunta? A gente não. A gente nunca para! Continuamos nos perguntando todos os dias: o que a gente quer ser quando crescer? E a resposta ainda é o mesmo sonho que tínhamos lá atrás, desde quando começamos a dar nossos primeiros passos: queremos formar pessoas que transformarão o mundo. Para que esse sonho vire realidade, não existe ferramenta mais poderosa do que a educação, pois ela é capaz de formar cidadãos conscientes e transformadores. É por isso que investimos tanto em professores, em inovação e em novas tecnologias, para o ensino de qualidade ser cada vez mais acessível a todos, pois queremos estar lado a lado com você na sua jornada de transformação, para você jamais abandonar seus antigos sonhos de infância e continuar realizando todos os seus novos sonhos de adulto.
AGIMOS PENSANDO NO SUCESSO DO ALUNO - Nossas ações devem contribuir para o sucesso do aluno.
VALORIZAMOS AS PESSOAS - Respeitamos e valorizamos as pessoas e suas diferenças porque sabemos que cada um pode contribuir para o sucesso do nosso aluno.
SOMOS RESPONSÁVEIS - Agimos sempre com integridade, honestidade e transparência.
BUSCAMOS A INOVAÇÃO - Inovamos porque queremos transformar o futuro. Tomamos riscos e aprendemos com nossos erros.
TEMOS PAIXÃO POR EDUCAR - O que nos move é a capacidade de contribuir para transformar a vida dos nossos alunos, suas famílias, sua comunidade e o mundo.
JUNTOS, PODEMOS MAIS - Abraçamos juntos cada desa?o, não importando o tamanho, podemos sempre contar um com o outro.
FAZEMOS ACONTECER - Colocamos a mão na massa e somos ágeis para transformar ideias e planos em realidade.
GERAMOS VALOR SUSTENTÁVEL - Trabalhamos para gerar impactos positivos no curto e longo prazo.
Atualmente a IES oferta so seguintes cursos de graduação: Administração, Arquitetura e Urbanismo, Direito, Enfermagem, Engenharia Civil, Engenharia de Controle e Automação, Engenharia da Produção, Engenharia Civil, Engenharia Elétrica, Engenharia Mecânica, Fisioterapia, Gestão da Produção Industrial, Logística, Mecatrônica Industrial e Psicologia.