Em 18 de julho de 2000, a Associação de Ensino Novo Ateneu inaugurou, mais uma unidade de ensino – a Faculdade Novo Ateneu de Guarapuava, em Guarapuava, – região central do Paraná. Foram criados os cursos de Ciências Ambientais (pioneiro no Brasil), Direito, Relações Internacionais e Turismo – cursos até então inexistentes na cidade – e o de Administração, todos eles abrindo perspectivas na área de educação e no mercado regional de trabalho, além de engrandecer ainda mais o ensino superior no Paraná.

Em 2005 foi criado o Instituto Politécnico do Paraná – Unidade Guarapuava, com cursos Superiores de Tecnologia.

No início de 2008, a Faculdade Novo Ateneu de Guarapuava e o Instituto Politécnico do Paraná passaram a ser mantidos pela União de Ensino e Cultura de Guarapuava – UNIGUA, pertencente ao Grupo Mattos Leão, natural da cidade de Guarapuava, que vêm mantendo os mesmos princípios até então vigentes nas duas Instituições.

Em 28 de agosto de 2008, foi publicada no Diário Oficial da União a Portaria nº 603, de 27 de agosto de 2008, que unificou as mantidas - Faculdade Novo Ateneu de Guarapuava e Faculdade de Tecnologia Instituto Politécnico do Paraná – Unidade Guarapuava e que, a partir desta data, passaram a constituir a Faculdade Guarapuava.

Em fevereiro de 2010, foram publicadas Portarias de autorização do curso de Ciências Contábeis e do Curso Superior de Tecnologia em Análise e Desenvolvimento de Sistemas. No mesmo ano foram publicadas no DOU as Portarias de autorização dos cursos de Ciências Sociais (Licenciatura e Bacharelado) Engenharia Civil e Engenharia Elétrica, os quais passaram por avaliação in loco e já estão com os relatórios de reconhecimento disponibilizados no e-MEC.

Em fevereiro de 2011 iniciaram-se as primeiras turmas dos cursos de Ciências Contábeis, Engenharia Civil, Engenharia Elétrica e Ciências Sociais (Licenciatura).

A Faculdade Guarapuava passou a ofertar, em 2014 o Curso de Arquitetura e Urbanismo.

Em 2017, iniciaram-se as atividades do curso de Medicina Veterinária e em 2018, a Faculdade Guarapuava lançou o curso de Agronomia.

Em suma, a Faculdade Guarapuava oferta 8 cursos na modalidade presencial, sendo 2 na área de Exatas, 2 na área das Ciências Agrárias e 4 na área de Ciências Sociais Aplicadas.