Fundada em dezembro de 1999, quando recebeu autorização do Ministério da Educação para atuar no ensino superior, o Centro Universitário São Lucas iniciou suas atividades em Porto Velho no mês de março de 2000 com os cursos de Turismo e Administração (com habilitação em Administração de Negócios e Administração Hospitalar). Aos 21 anos de atuação em Rondônia, o Centro Universitário São Lucas oferece, atualmente, 19 cursos presenciais (Administração, Arquitetura e Urbanismo, Biomedicina, Ciências Contábeis, Direito, Educação Física, Enfermagem, Engenharia Civil, Engenharia Elétrica, Engenharia da Produção, Estética e Cosmética, Farmácia, Fisioterapia, Fonoaudiologia, Medicina, Odontologia, Nutrição e Psicologia) e mais 10 cursos a distância (Administração, Ciências Contábeis, Gestão Comercial, Gestão Financeira, Gestão RH, Logística, Pedagogia, Processos Gerenciais, Educação Física e Educação Especial), todos reconhecidos pelas excelentes pontuações junto ao MEC, que recebem acadêmicos de vários estados da federação. Nos últimos anos tem ampliando sua atuação no campo da pesquisa e extensão universitária, proporcionando assim aprimoramento e formação para o mercado de trabalho.

Atualmente, o São Lucas é reconhecido como o melhor Centro Universitário privado do estado de Rondônia e um dos melhores da região Norte, destaque este que aumenta o seu compromisso com o ensino de qualidade.

Em virtude disso, em maio de 2020 o São Lucas ganhou um novo controlar e passou a ser administrado pela Afya Educacional, o maior grupo de educação médica do País. A troca de controle dos fundadores do Centro Universitário SÃO LUCAS para o Grupo Afya Educacional é o resultado natural da necessidade de expansão do Centro Universitário e retrata não só o potencial da Região Norte do Brasil, atraindo o olhar e o interesse de grupos educacionais de primeira linha, como a AFYA, mas também a qualidade da educação proporcionada pelo SÃO LUCAS e sua valiosa reputação na região. O Centro Universitário SÃO LUCAS tem excelentes avaliações regulatórias: o Índice Geral de Cursos (IGC) é nota 4 e o Conceito de Curso (CC) da Medicina é 4, assim como o Conceito Institucional (CI) nota 5, todos em uma escala de 1 a 5. Esse legado agora ganha muito mais expressão e possibilidades de investimentos, ampliando seu leque de atuação e trazendo para o SÃO LUCAS toda a tecnologia e a expertise do maior grupo de educação médica do país.